Химия - Protein Data Bank - База данных

08 июня 2011


Оглавление:
1. Protein Data Bank
2. База данных
3. Программное обеспечение



База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно по четвергам. По состоянию на 22 декабря 2009, база данных содержит:

Метод
исследования
Белки Нуклеиновые кислоты Комплексы белков
и нуклеиновых кислот
Другое Всего
Дифракция рентгеновских лучей 50197 1179 2308 17 53701
ЯМР 7137 885 151 7 8180
Электронная микроскопия 179 17 70 0 266
Смешанный 18 1 1 1 21
Другое 117 4 4 13 138
Всего: 57648 2086 2534 38 62306
42893 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
5469 структур имеют файл ЯМР

Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.

Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально. В 2007 году было добавлено 7263 структур, однако, в 2008 году было добавлено лишь 7073 структур.


Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор. Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.



Просмотров: 2490


<<< PRNP
PTPRF >>>