Химия - Protein Data Bank - База данных
08 июня 2011Оглавление:
1. Protein Data Bank
2. База данных
3. Программное обеспечение
База данных Protein Data Bank обновляется еженедельно по четвергам. По состоянию на 22 декабря 2009, база данных содержит:
| Метод исследования |
Белки | Нуклеиновые кислоты | Комплексы белков и нуклеиновых кислот |
Другое | Всего |
|---|---|---|---|---|---|
| Дифракция рентгеновских лучей | 50197 | 1179 | 2308 | 17 | 53701 |
| ЯМР | 7137 | 885 | 151 | 7 | 8180 |
| Электронная микроскопия | 179 | 17 | 70 | 0 | 266 |
| Смешанный | 18 | 1 | 1 | 1 | 21 |
| Другое | 117 | 4 | 4 | 13 | 138 |
| Всего: | 57648 | 2086 | 2534 | 38 | 62306 |
-
- 42893 структуры в PDB содержат файл со структурным фактором
- 5469 структур имеют файл ЯМР
Преобладающая часть структур получена при помощи метода диффракции рентгеновских лучей, около 15 % — при помощи ЯМР белков, и лишь малая часть — при помощи крио-электронной микроскопии.
Некоторое время количество структур в PDB росло экспоненциально. В 2007 году было добавлено 7263 структур, однако, в 2008 году было добавлено лишь 7073 структур.
Каждая структура, опубликованная в PDB получает четырёхзначный идентификатор. Данный шифр не может служить идентификатором биомолекул, так как часто разные структуры одной и той же молекулы, например, в различной среде, могут иметь различные PDB ID.
Просмотров: 3770
|
|