Химия - SMILES

19 июля 2011


Оглавление:
1. SMILES
2. Варианты спецификации SMILES
3. Определение в терминах теории графов
4. Расширения



Генерация номера SMILES:
Сначала кодировке подвергаются разорванные кольца, затем описываются ответвления от основной структуры.

SMILES — система правил однозначного описания состава и структуры молекулы химического вещества с использованием строки символов ASCII. Название в английском языке является омонимом к слову smiles, однако пишется только заглавными буквами. В русском языке однозначного аналога не имеет, рекомендуется употребление на языке оригинала. Произносится: смайлз.

Строка символов, составленная по правилам SMILES, может быть преобразована многими молекулярными редакторами в двумерную или трёхмерную структурную формулу молекулы.

Первоначальный вариант спецификации SMILES был разработан Артуром Вейнингером и Дэвидом Вейнингером в конце 1980-х. В дальнейшем стандарт был модифицирован и расширен; наиболее активное участие в этой работе приняла компания Daylight Chemical Information Systems, Inc..

Среди остальных линейных нотаций стоит выделить нотацию Висвессера, SMARTS, ROSDAL и Sybyl Line Notation. Недавно IUPAC предложил InChI в качестве стандарта для линейного представления формул. SMILES имеет преимущества перед InChI, в частности, лучшее восприятие формул человеком, а также более простая программная поддержка в связи с наличием обширной теоретической базы — теории графов.



Просмотров: 3544


<<< Международный союз теоретической и прикладной химии