Химия - Виртуальный скрининг

01 марта 2011


Оглавление:
1. Виртуальный скрининг
2. Виртуальный скрининг, основанный на знании структур лигандов



это вычислительная процедура, которая включает автоматизированный просмотр базы данных химических соединений и отбор тех из них, для которых прогнозируется наличие желаемых свойств. Чаще всего виртуальный скрининг применяется при разработке новых лекарственных препаратов для поиска химических соединений, обладающих нужным видом биологической активности. В последнем случае процедура виртуального скрининга может быть основана либо на знании пространственного строения биологической мишени либо на знании структуры лигандов к молекуле данной биологической мишени. Виртуальному скринингу посвящен ряд монографий и обзорных статей.

Виртуальный скрининг, основанный на знании пространственной структуры биологической мишени

Молекулярный докинг

Ключевой процедурой виртуального скрининга, основанного на знании пространственной структуры биологической мишени, является молекулярный докинг, позволяющий предсказать пространственное строение комплекса «лиганд-белок» и исходя из него при помощи оценочных функций рассчитать константу связывания лиганда с белком. В этом случае из соединений, для которых предсказаны наибольшие значения констант связывания с молекулой белка, формируют сфокусированную библиотеку, из которой отбирают материал для дальнейшего биологического эксперимента.

В качестве примера применения виртуального скрининга такого рода можно привести работу, направленную на поиск потенциальных лигандов NMDA- и AMPA-рецепторов.

Программы для молекулярного докинга:

  1. FlexX
  2. Dock
  3. AutoDock
  4. AutoDock Vina
  5. Surflex
  6. Fred
  7. Gold
  8. PLANTS
  9. 3DPL
  10. Lead Finder
  11. Molegro Virtual Docker
  12. ICM Pro
  13. Q-Pharm
  14. Ligand fit, Libdock and CDocker
  15. DockSearch
  16. eHiTS
  17. Glide


Программы для виртуального скрининга:

  1. VSDocker
  2. DOVIS


Просмотров: 1702


<<<