Химия - Z-матрица

28 февраля 2011


Оглавление:
1. Z-матрица
2. Пример



В химии Z-матрицей называют способ представления координат атомов молекулярной системы. Кроме того, такое представление называют также внутренними координатами. Это представление определяет каждый атом системы через атомный номер, длину связи, валентный угол и двугранный угол. Под связью в данном случае подразумевается не химическая связь, а просто вектор, направленный от одного атома к другому, хотя они могут и совпадать. Тем не менее, принято записывать Z-матрицу через длины и углы химических связей, так как такая запись позволяет описать не только относительное расположение атомов друг относительно друга, но и связи этих атомов. Z-матрица называется так потому, что второй атом всегда располагается вдоль оси аппликат.

Z-матрица может быть преобразована в декартовы координаты. Также возможно обратное преобразование. Информация при этих преобразованиях не теряется.

Z-матрицы используются для описания молекулярных систем и принимаются многими программами моделирования молекулярной динамики и вычислительной химии. Кроме того, многие программы визуализации молекулярной структуры предоставляют графические редакторы z-матриц. Например, к таким программам относится Molden.



Просмотров: 3027


<<< Топологический индекс
>>>