Химия - Гликозил-гидролазы

28 февраля 2011


Оглавление:
1. Гликозил-гидролазы
2. Номенклатура



Модель молекулы гликозидазы с пространственной структурой в виде8-бочонка
Модель молекулы гликозидазы с пространственной структурой в виде шести-лопастного β-пропеллера

Гликозил-гидролазы катализируют гидролиз гликозидных связей в молекулах углеводов, приводя к появлению двух более мелких молекул углеводов. Эти ферменты встречаются в клетках почти всех живых организмов. Гликозидазы выполняют множество разнообразных функций: деградация биомассы, участие в антибактериальной защите организма, развитие патогенеза, клеточный биосинтез. Гликозидазы вместе с гликозилтрансферазами образуют основу биологического аппарата синтеза и разрушения гликозидных связей.

Классификация

Гликозил-гидролазы объединены в КФ 3.2.1 как ферменты, катализирующие гидролиз O- или S-гликозидов. Все гликозидазы имеют номера КФ 3.2.1.x, при этом x может быть от 1 до 165 в зависимости от субстратной специфичности фермента. На основе молекулярного механизма катализируемой ими реакции гликозидазы могут быть разбиты на две группы. Представители одной из них обращают, а другой — сохраняют путём двойного обращения аномерную конфигурацию субстрата у продукта реакции гидролиза. Гликозил-гидролазы также могут быть классифицированы как экзо- или эндо-действующие, в зависимости от того, действуют ли они соответственно на концевой или внутренний моносахаридный остаток в углеводной цепи. Более современные классификации гликозил-гидролаз основаны на сравнении их аминокислотных последовательностей. Такие классификации обладают большой предсказательной силой в отношении возможных биохимических активностей неисследованных ферментов с недавно определёнными последовательностями. Впервые классификация всех известных на тот момент последовательностей гликозидаз была предложена в 1991 году. Близкородственные белки было предложено группировать в семейства. Впоследствии эволюционно родственные семейства стали объединять на более высоком иерархическом уровне в кланы. Такая двухуровневая классификация в настоящее время доступна на сайте CAZy:

CAZy clans.jpg

Недавние исследования позволили на основе двухуровневой классификации создать многоуровневую классификацию гликозил-гидролаз и их гомологов:

GH classification.jpg


Просмотров: 2591


<<< Гликемия
Гликозилирование >>>