Химия - Хемоинформатика - Внутреннее и внешнее представление химической информации

01 марта 2011


Оглавление:
1. Хемоинформатика
2. Хемоинформатика и другие науки
3. Основы
4. Внутреннее и внешнее представление химической информации
5. Сферы применения
6. Научные журналы



В хемоинформатике для внутреннего представления структур химических соединений обычно используются молекулярные графы, которые могут быть при необходимости дополнены информацией о трехмерных координатах атомов, а также о динамике их изменения во времени. Долговременное хранение химической информации и обмен ею между приложениями осуществляется при помощи файлов, организованных в соответствии с типами внешнего представления химической информации.

Простейшим типом внешнего представления структур химических соединений являются линейные нотации в виде строки символов. Исторически первым видом линейных нотаций явилась Линейная нотация Висвессера. В настоящее время наиболее распространённой видом линейных нотаций являются строки SMILES. Кроме того, применяются также линейные нотации SLN, SMARTS, ROSDAL. Для кодировки химических структур ИЮПАК предложил универсальную линейную нотацию InChI.

Второй тип внешнего представления структур химических соединений и реакций между ними основан на непосредственном кодировании матрицы смежности молекулярного графа. Такие распространённые форматы как MOL, SDF и RDF, которые в настоящее время являются стандартными для обмена химической информацией, можно считать способами представления в виде такстового файла матрицы смежности молекулярного графа. Этой же целью служат и специфические форматы MOL2, HIN, PCM и др., предназначенные для работы с распространёнными программами по молекулярному моделированию.

Наконец, третий тип внешнего представления структур химических соединений основан на технологии XML. Наиболее распространённым языком описания химической информации, опирающимся на эти принципы, является CML.



Просмотров: 6879


<<< Эффузия (физика)